Antes do primeiro torneio da franquia, Jax já lutava contra Kano em uma aventura própria. É verdade que esse jogo não fez sucesso algum, mas continua sendo parte da mitologia, então, aqui está.

O jogo de aventura do Sub-Zero é igualmente lembrado com certo desdém pela maior parte dos fãs e, surpreendentemente, também está no começo da cronologia da série. Situado também antes do primeiro torneio, Mythologies: Sub-Zero mostra a jornada de Bi-Han como um peão manipulado por deuses. Foi aqui que vimos, pela primeira vez, a morte do Hanzo Hasashi original.

Chegamos, finalmente, ao primeiro torneio. Aquele do jogo que deu início a tudo. Foi aqui que Liu Kang derrotou Shang Tsung pela primeira vez e despertou a ira de Shao Kahn, que organizaria um novo torneio depois de pouco tempo.

O primeiro torneio a trazer Shao Kahn como chefão aparece em quarto lugar na cronologia da série. No segundo jogo, Liu Kang derrotou Shao Kahn pela primeira vez e o mundo conheceu um novo Sub-Zero: Kuai Liang.

Depois de ser derrotado duas vezes, o Imperador de Outworld, Shao Kahn, decidiu quebrar as regras do Mortal Kombat e invadir a Terra sob o pretexto de ir recuperar a rainha Sindel, recentemente ressuscitada no território que ele gostaria de invadir. Apesar de algumas baixas, como a morte de Johnny Cage, a Terra venceu. Novamente, Liu Kang moeu a cara de Shao Kahn na porrada. 

Depois das derrotas dos respectivos mestres, Shang Tsung e Quan Chi formaram uma aliança que agia fora das regras do Mortal Kombat. Juntos, eles, finalmente, conseguiram matar o guerreiro mais forte do Reino da Terra: Liu Kang. Era o começo de um período sombrio. Aqui, os vilões vencem — e somente Raiden continua de pé até o final para proteger a Terra.

Depois de Shao Kahn ser convidado a deixar o Reino da Terra em paz duas vezes, Shinnok e Quan Chi decidiram tentar a sorte. Raiden, Liu Kang e os demais, novamente, protegeram a Terra e expulsaram os invasores.

Durante a luta de Raiden, Shang Tsung e Quan Chi, um antigo líder de Outworld chamado Onaga, também conhecido como o Rei Dragão, ressuscitou. Para tentar eliminar essa nova ameaça, Raiden se sacrificou causando uma grande explosão. 

O sacrifício de Raiden, agora um deus corrompido, foi em vão. Somente Shujinko, novo protagonista da franquia, poderia derrotar Onaga de uma vez por todas. 

De alguma forma, absolutamente todos os lutadores voltaram à vida para um último Mortal Kombat em Armageddon. A princípio, Taven, protagonista do modo História, seria o grande vencedor. No entanto, Mortal Kombat 9, lançado em 2011, mostrou que Raiden (de novo) e Shao Kahn foram os últimos sobreviventes da guerra. Inclusive, o último jogo da cronologia clássica de Mortal Kombat termina com a vitória de Shao Kahn, que se torna o ser supremo do universo. O mal venceu. 

Armageddon foi o último jogo da cronologia clássica de Mortal Kombat. A partir de agora, entramos na cronologia que começou com o reboot de 2011.

Raiden, diante da derrota inevitável em Armageddon, enviou uma mensagem para si mesmo no passado: "Ele precisa vencer." É assim que começa Mortal Kombat, o reboot lançado em 2011 ao qual muitos fãs se referem como Mortal Kombat 9. A história reimagina os três primeiros jogos da série. No final, Raiden salva o Reino da Terra, mas acaba matando Liu Kang por acidente.

Anos depois de Mortal Kombat 9, Quan Chi e Shinnok tentam invadir o Reino da Terra, mas são derrotados pelas Forças Especiais. Sob liderança de Johnny Cage e Sonya Blade, toda uma nova geração de guerreiros é treinada. A protagonista da vez é Cassie Cage, filha de Johnny e Sonya, que, no final, derrota uma versão inédita do Shinnok.

Com o Reino da Terra a salvo mais uma vez, Kronika, a guardiã do tempo, decide intervir. De acordo com ela, Raiden havia violado a linha do tempo que havia sido determinada para a Terra. 

Kronika teletransporta heróis e vilões do passado, incluindo Liu Kang e Shao Kahn, para o presente. O objetivo dela é fazer de tudo para eliminar os atuais protetores do Reino da Terra. O que ela não esperava, entretanto, era que Liu Kang se mostrasse um oponente tão persistente. Ressuscitado, Liu Kang salva o universo mais uma vez.

Depois de Liu Kang derrotar Kronika, Shang Tsung aparece e diz que nem tudo estava resolvido. O feiticeiro volta no tempo e engana todos os personagens até o final da história, acreditando que conseguirá subsituir Liu Kang como o novo ocupante do cargo de Kronika. Shang Tsung e Liu Kang se enfrentam pela última vez no final da história, que tem dois finais possíveis. Não há informação sobre qual é o final canônico.

Em uma linha do tempo apagada por Kronika, os personagens de Mortal Kombat chegaram a lutar contra os da DC Comics. Por se tratar de algo que aconteceu fora das duas cronologias principais de Mortal Kombat, é impossível situar o jogo de maneira precisa. Ainda assim, trata-se de um game canônico, acredite.