Metroid Prime: Federation Force foi anunciado pela Nintendo na E3 2015 e, quase que imediatamente, foi alvo de críticas dos fãs diversos motivos - entre eles, por ser um derivado sem Samus Aran, enquanto a protagonista não recebe um game próprio desde Metroid: Other M, de 2010. Mas o produtor do game, Kensuke Tanabe, já esperava toda essa reação negativa.

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Em entrevista ao site da revista Canadian Gaming Magazine, Tanabe explicou a ausência de Samus por que o game terá um modo cooperativo para quatro jogadores e, segundo ele, seria estranho ter quatro versões diferentes da personagem no mesmo mapa. Sobre as críticas dos fãs, o produtor deu a mesma resposta que o executivo Reggie Fils-Aime: esperem até jogar para ter uma opinião.

"O que eu vejo acontecer é que, assim que os jogadores experimentar o game, eles entenderão a experiência por si mesmos, como é sua ambientação, e que a atmosfera do universo de Metroid Prime ainda está lá. A música usada no jogo também tem muita relação com a série Prime", afirmou Tanabe. "É claro que, de primeira, as pessoas dizem 'isso não é o que eu esperava', mas eles entenderão a perspectiva diferente que estamos mostrando e certamente experimentar o jogo fará a diferença."

Durante a E3, Tanabe falou que o próximo Metroid Prime para consoles não deve ser lançado para o Wii U.

Metroid Prime: Federation Force terá modo cooperativo para até 4 pessoas no universo de Metroid Prime, e um modo chamado Blast Ball, no qual trios se enfrentam. O game chega em 2016 para o 3DS.